在任職云南的期間，李璽遇到最多的問題就是自然災害的侵襲。當時云南連年水旱，四月至七月，雨水不斷，導致所種禾苗凍秕，顆粒無收；有時更是水旱災害相連，民多饑死，哀鴻遍野。李璽感百姓之苦，心痛不已。他親自去往各地查看，了解災情，向朝廷“奏議賑恤”，請求幫助，并親自組織賑災：政府賑濟百姓，開倉放糧。除了政府予以幫助以外，李璽還發動當地官員富戶參與賑災，說服他們捐出余糧，并予以表彰，讓民間力量也參與到救災中來；免除百姓當年的賦稅，緩解壓力；興修水利，修建和修復灌溉水利工程，從根本上治理水旱災害，這些水利工程修成后，有些可以灌溉千畝以上，促進糧食生產，保障了云南的農業發展。另外，李璽安撫百姓情緒，勸民努力耕織。官民合力，“民賴以全”，百姓賴以度過災荒之年，對他無不感激涕零。

李璽在云南任期內，朝廷派禮部侍郎姚夔赴滇考核其政績，對他很是贊賞，稱：璽清廉勤政，剛明果斷，正己格物，省罰施仁，興學育才，勸善癉惡。姚夔據實上奏，請朝廷對其進行嘉獎。明代宗朱祁鈺見到奏本后，很是贊賞，御批：如期考滿，著晉京陛見。李璽進京那天，滇民紛紛擁上驛道，直至十里長亭，沿途婦孺老幼，頭頂香花，手捧米酒，淚目送行。

李璽第一天走，次日滇地500名紳士推選代表進京，向朝廷上奏挽留李璽。明代宗朱祁鈺看了奏章后，晉升李璽為通議大夫，仍令其赴云南留任。李璽第二次赴云南后，更加關愛百姓，盡心民事，勤于政事，兢兢業業，竟達13年之久，直到后來因病乞歸。云南百姓為了紀念李璽，立生祠以祀之。